Mazās matemātikas universitātes (MMU) pirmsākumi meklējami 1964. gadā, kad Oto Treilībs uzsāka matemātikas nodarbības, iedvesmojoties no Rīgas Valsts 1. ģimnāzijas matemātikas pulciņa un vēloties sniegt visiem Latvijas vidusskolēniem iespēju paplašināt savas zināšanas un interesi par matemātiku.
Kopš tā laika MMU ir piedzīvojusi dažādus attīstības posmus, pārmaiņas un arī dažus pārtraukumus, taču tās galvenais mērķis vienmēr palicis nemainīgs – rosināt skolēnu interesi par matemātiku un sniegt iespēju iepazīt to plašāk un dziļāk nekā skolas programmā.
Sākotnēji nodarbības Raiņa bulvārī 19 vadīja LU mācībspēki, studenti un skolotāji, vēlāk to organizēšanu pārņēma LU A. Liepas Neklātienes matemātikas skola (NMS), pievēršot arvien lielāku uzmanību padziļinātai matemātikas apguvei un gatavošanai olimpiādēm. 2007.–2009. gadā, sadarbojoties ar LU Datorikas fakultāti, uz diviem gadiem tā kļuva par Mazo matemātikas un informātikas universitāti, apvienojot matemātikas lekcijas ar datorzinātnes tēmām un praktiskām nodarbībām pie datoriem.
Pēc divu gadu pārtraukuma MMU darbība tika atjaunota 2011./2012. mācību gadā LU Fizikas un matemātikas fakultātē Zeļļu ielā 8. Šajā laikā tapa arī jauna, mūsdienīgāka MMU identitāte – tostarp logo, ko izveidoja paša MMU skolniece un kas tiek izmantots vēl šodien. No 2016./2017. mācību gada viena lekcija ik gadu tiek veltīta tieši olimpiāžu tematikai, bet pēc fakultātes pārcelšanās uz Zinātņu māju nodarbības turpinājās Jelgavas ielā 3.
2020. gadā Covid-19 pandēmijas dēļ MMU pārgāja uz attālinātu norisi. Lai gan tas pavēra jaunas iespējas nodarbību veidošanā, skolēnu interese šajā laikā manāmi kritās. 2022./2023. mācību gadā MMU ar prieku atgriezās klātienē, un līdz ar atgriešanos auga arī skolēnu vēlme piedalīties – tas MMU deva jaunu elpu. Tika ieviests arī pilnveidots formāts: līdzās teorētiskajai lekcijai tapa praktiskā daļa, kuru vada matemātikas studenti. Pēdējos gados studentu loma kļuvusi arvien nozīmīgāka – top nodarbību reklāmas video, vizuālie materiāli un jaunas, skolēniem saistošas formas, kā runāt par matemātiku.
Gadu gaitā MMU nodarbību apmeklējums ir pakāpeniski audzis. 2025./2026. mācību gadā katru nodarbību apmeklēja aptuveni 150–200 skolēnu no dažādām Latvijas skolām. Šis mācību gads MMU vēsturē iezīmē arī jaunu posmu: pēc izmaiņām LU struktūrā MMU vairs netiek organizēta NMS ietvaros, bet turpmāk darbojas patstāvīgi LU Eksakto zinātņu un tehnoloģiju fakultātes ietvaros, turpinot vairāk nekā 60 gadus ilgo tradīciju.